La PCR se lleva a cabo en una serie de ciclos cada uno de los cuales incluye tres fases. Cada ciclo se repite un número de veces dependiendo de la cantidad de fragmentos amplificados que se deseen. Generalmente se repite unas 30 veces, ya que un número mucho mayor de ciclos no implica un mayor rendimiento.
Empareja cada fase de un ciclo de la PCR, con los procesos que en ella suceden .